| 2. Round | 15/02/2009 | Boyacá Chicó | - | Santa Fe | 1:0 |  |
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| 3. Round | 19/02/2009 | Santa Fe | - | Atlético Huila | 3:1 | |
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| 4. Round | 22/02/2009 | Santa Fe | - | Envigado FC | 1:1 | ||||
| 5. Round | 01/03/2009 | Independiente Medellín | - | Santa Fe | 2:2 | ||||
| 8. Round | 19/03/2009 | Santa Fe | - | América de Cali | 1:0 | ||||
| 9. Round | 21/03/2009 | Millonarios | - | Santa Fe | 1:1 | |
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| 10. Round | 05/04/2009 | Atlético Junior | - | Santa Fe | 3:1 | ||||
| 11. Round | 12/04/2009 | Santa Fe | - | Deportes Quindío | 2:3 | ||||
| 16. Round | 10/05/2009 | Once Caldas | - | Santa Fe | 3:0 | ||||
| 17. Round | 14/05/2009 | Santa Fe | - | Deportivo Pasto | 1:0 | ||||
| 18. Round | 17/05/2009 | Deportivo Cali | - | Santa Fe | 2:2 |  |
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