| 3. Round | 09/08/2009 | Atlante | - | CF Pachuca | 0:2 |  |
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| 5. Round | 23/08/2009 | Atlante | - | Deportivo Guadalajara | 3:1 | |
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| 1. Round | 27/08/2009 | Gallos Blancos (old) | - | Atlante | 1:2 | |
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| 6. Round | 29/08/2009 | Jaguares Chiapas | - | Atlante | 1:1 | ||||
| 7. Round | 06/09/2009 | Atlante | - | Pumas UNAM | 1:0 | ||||
| 8. Round | 12/09/2009 | CF Monterrey | - | Atlante | 3:0 | ||||
| 9. Round | 20/09/2009 | Atlante | - | Santos Laguna | 0:1 | ||||
| 10. Round | 27/09/2009 | CF América | - | Atlante | 1:0 | ||||
| 11. Round | 04/10/2009 | Atlante | - | Monarcas Morelia | 2:1 | ||||
| 2. Round | 11/10/2009 | Club San Luis | - | Atlante | 2:1 | ||||
| 12. Round | 18/10/2009 | Indios Juárez | - | Atlante | 0:2 | |
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| 13. Round | 25/10/2009 | Atlante | - | Atlas Guadalajara | 2:0 | ||||
| 14. Round | 31/10/2009 | Cruz Azul | - | Atlante | 3:1 | |
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| 15. Round | 05/11/2009 | Atlante | - | Deportivo Toluca | 3:2 | ||||
| 16. Round | 08/11/2009 | UANL Tigres | - | Atlante | 4:0 |  |
Mexico