| 4. Round | 05/08/2012 | TSV 1860 München II | - | Bayern München II | 0:2 | ||||
| 5. Round | 08/08/2012 | Bayern München II | - | SC Eltersdorf | 3:0 | ||||
| 6. Round | 11/08/2012 | FC Memmingen | - | Bayern München II | 0:0 | ||||
| 7. Round | 15/08/2012 | Bayern München II | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:0 | ||||
| 8. Round | 18/08/2012 | TSV 1860 Rosenheim | - | Bayern München II | 1:1 |  |
|||
| 9. Round | 22/08/2012 | Bayern München II | - | 1. FC Nürnberg II | 1:0 | ||||
| 10. Round | 31/08/2012 | TSV Buchbach | - | Bayern München II | 1:1 | |
|||
| 11. Round | 08/09/2012 | Bayern München II | - | VfL Frohnlach | 0:1 | ||||
| 12. Round | 14/09/2012 | Eintracht Bamberg | - | Bayern München II | 0:0 | |
|||
| 18. Round | 20/10/2012 | Bayern München II | - | SV Seligenporten | 1:1 | ||||
| 19. Round | 27/10/2012 | Würzburger Kickers | - | Bayern München II | 2:1 | ||||
| 20. Round | 02/11/2012 | FC Augsburg II | - | Bayern München II | 2:2 | ||||
| 21. Round | 11/11/2012 | Bayern München II | - | SpVgg Bayern Hof | 1:0 | ||||
| 24. Round | 30/11/2012 | SC Eltersdorf | - | Bayern München II | 3:1 | |
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