| 17. Round | 14/01/2007 | AEK Athen | - | OFI Heraklion | 3:1 | ||||
| 19. Round | 28/01/2007 | Olympiakos Piraeus | - | OFI Heraklion | 4:1 | ||||
| 21. Round | 11/02/2007 | Panathinaikos | - | OFI Heraklion | 2:2 | ||||
| 22. Round | 18/02/2007 | OFI Heraklion | - | Apollon Kalamarias | 2:0 | ||||
| 23. Round | 25/02/2007 | Aris Saloniki | - | OFI Heraklion | 3:1 | ||||
| 24. Round | 04/03/2007 | AE Lárissa | - | OFI Heraklion | 1:2 | ||||
| 25. Round | 11/03/2007 | OFI Heraklion | - | AO Kerkyra | 3:4 | ||||
| 26. Round | 17/03/2007 | AO Egaleo | - | OFI Heraklion | 1:2 | ||||
| 27. Round | 15/04/2007 | OFI Heraklion | - | Ionikos Nikea | 2:1 | ||||
| 28. Round | 22/04/2007 | Skoda Xanthi | - | OFI Heraklion | 4:1 | ||||
| 29. Round | 29/04/2007 | OFI Heraklion | - | Panionios GSS | 3:1 |  |
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