| 3. Round | 12/09/2016 | AE Lárissa | - | AEP Iraklis FC | 2:2 | ||||
| 12. Round | 26/11/2016 | Asteras Tripolis | - | AE Lárissa | 1:1 | ||||
| 14. Round | 10/12/2016 | Xanthi FC | - | AE Lárissa | 1:0 | ||||
| 15. Round | 18/12/2016 | AE Lárissa | - | Panathinaikos | 0:0 | ||||
| 1. Round | 04/01/2017 | AE Lárissa | - | Veria FC | 2:1 | ||||
| 16. Round | 18/01/2017 | Veria FC | - | AE Lárissa | 1:1 | ||||
| 17. Round | 22/01/2017 | AE Lárissa | - | Platanias Chanion | 0:0 | ||||
| 18. Round | 28/01/2017 | AEP Iraklis FC | - | AE Lárissa | 1:1 | ||||
| 11. Round | 01/02/2017 | AE Lárissa | - | PAOK Saloniki | 0:2 | ||||
| 19. Round | 04/02/2017 | AE Lárissa | - | AO Kerkyra | 1:1 | ||||
| 23. Round | 04/03/2017 | AE Lárissa | - | PAS Giannina | 1:1 | ||||
| 28. Round | 09/04/2017 | Atromitos | - | AE Lárissa | 0:0 | ||||
| 29. Round | 23/04/2017 | AE Lárissa | - | Xanthi FC | 1:0 |  |
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