| 2. Round | 31/03/2000 | Alania Vladikavkaz | - | Fakel Voronezh | 1:1 | ||||
| 3. Round | 07/04/2000 | Rotor Volgograd (1929-2005) | - | Alania Vladikavkaz | 2:1 | ||||
| 4. Round | 14/04/2000 | Alania Vladikavkaz | - | Anzhi Makhachkala | 2:3 | ||||
| 5. Round | 21/04/2000 | Lok. Nizhni Novgorod | - | Alania Vladikavkaz | 1:1 | ||||
| 6. Round | 29/04/2000 | Alania Vladikavkaz | - | Dinamo Moskva | 0:1 |  |
|||
| 7. Round | 06/05/2000 | FK Saturn | - | Alania Vladikavkaz | 2:0 | ||||
| 8. Round | 12/05/2000 | Alania Vladikavkaz | - | Chernomorets Novorossisk | 1:0 | ||||
| 9. Round | 16/05/2000 | Torpedo Moskva | - | Alania Vladikavkaz | 2:0 | ||||
| 10. Round | 25/05/2000 | Alania Vladikavkaz | - | Zenit St. Petersburg | 1:0 | ||||
| 11. Round | 07/06/2000 | Rostselmash Rostov | - | Alania Vladikavkaz | 0:1 | ||||
| 12. Round | 12/06/2000 | CSKA Moskva | - | Alania Vladikavkaz | 0:1 | ||||
| 13. Round | 17/06/2000 | Alania Vladikavkaz | - | Uralan Elista | 1:1 |  |
|||
| 14. Round | 22/06/2000 | Lokomotiv Moskva | - | Alania Vladikavkaz | 1:0 | ||||
| 15. Round | 26/06/2000 | Alania Vladikavkaz | - | Krylia Sovetov | 4:3 | |
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