| 6. Round | 02/10/2016 | Platanias Chanion | - | Panetolikos | 0:0 |  |
|||
| 7. Round | 15/10/2016 | Panetolikos | - | AO Kerkyra | 4:0 | ||||
| 9. Round | 31/10/2016 | Panetolikos | - | PAS Giannina | 1:2 | ||||
| 12. Round | 27/11/2016 | Panetolikos | - | Xanthi FC | 2:3 | ||||
| 13. Round | 03/12/2016 | Veria FC | - | Panetolikos | 1:1 | ||||
| 14. Round | 11/12/2016 | Panetolikos | - | AEP Iraklis FC | 2:0 | ||||
| 16. Round | 18/01/2017 | Panetolikos | - | AEK Athen | 3:2 |
Germany