| 4. Round | 06/08/2016 | MFK Zemplín Michalovce | - | Zlaté Moravce | 0:0 |  |
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| 5. Round | 13/08/2016 | Zlaté Moravce | - | FK Senica | 0:1 | |
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| 6. Round | 20/08/2016 | 1. FC Tatran Prešov | - | Zlaté Moravce | 1:0 | |
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| 7. Round | 27/08/2016 | FO ŽP Šport Podbrezová | - | Zlaté Moravce | 1:1 | ||||
| 8. Round | 10/09/2016 | Zlaté Moravce | - | FC DAC 1904 | 1:1 | ||||
| 9. Round | 17/09/2016 | MFK Ružomberok | - | Zlaté Moravce | 6:1 | ||||
| 11. Round | 01/10/2016 | Spartak Trnava | - | Zlaté Moravce | 1:0 | ||||
| 12. Round | 15/10/2016 | Spartak Myjava | - | Zlaté Moravce | annull. | ||||
| 13. Round | 22/10/2016 | Zlaté Moravce | - | Slovan Bratislava | 1:5 | ||||
| 14. Round | 29/10/2016 | AS Trenčín | - | Zlaté Moravce | 2:0 | ||||
| 15. Round | 05/11/2016 | MFK Zemplín Michalovce | - | Zlaté Moravce | 5:1 | ||||
| 16. Round | 19/11/2016 | FK Senica | - | Zlaté Moravce | 1:3 | ||||
| 17. Round | 26/11/2016 | Zlaté Moravce | - | 1. FC Tatran Prešov | 3:0 | ||||
| 18. Round | 03/12/2016 | Zlaté Moravce | - | FO ŽP Šport Podbrezová | 2:0 | ||||
| 19. Round | 10/12/2016 | FC DAC 1904 | - | Zlaté Moravce | 1:0 |
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