| 5. Round | 24/09/2016 | PAS Giannina | - | Platanias Chanion | 0:0 |  |
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| 6. Round | 01/10/2016 | AO Kerkyra | - | PAS Giannina | 0:1 | |
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| 8. Round | 23/10/2016 | PAS Giannina | - | AE Lárissa | 4:0 | ||||
| 9. Round | 31/10/2016 | Panetolikos | - | PAS Giannina | 1:2 | ||||
| 10. Round | 05/11/2016 | PAS Giannina | - | Asteras Tripolis | 1:2 | ||||
| 12. Round | 26/11/2016 | PAS Giannina | - | Veria FC | 2:0 | ||||
| 13. Round | 05/12/2016 | AEP Iraklis FC | - | PAS Giannina | 2:1 | ||||
| 14. Round | 12/12/2016 | PAS Giannina | - | Olympiakos Piraeus | 0:2 | ||||
| 15. Round | 19/12/2016 | AEK Athen | - | PAS Giannina | 1:1 | |
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| 1. Round | 05/01/2017 | Panionios GSS | - | PAS Giannina | 1:1 | ||||
| 2. Round | 08/01/2017 | PAOK Saloniki | - | PAS Giannina | 0:1 | ||||
| 11. Round | 15/01/2017 | Xanthi FC | - | PAS Giannina | 2:0 | ||||
| 16. Round | 18/01/2017 | PAS Giannina | - | Panionios GSS | 1:0 | ||||
| 23. Round | 04/03/2017 | AE Lárissa | - | PAS Giannina | 1:1 | ||||
| 24. Round | 11/03/2017 | PAS Giannina | - | Panetolikos | 0:0 | ||||
| 25. Round | 19/03/2017 | Asteras Tripolis | - | PAS Giannina | 1:1 | |
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| 27. Round | 05/04/2017 | Veria FC | - | PAS Giannina | 3:0 | ||||
| 29. Round | 23/04/2017 | Olympiakos Piraeus | - | PAS Giannina | 5:0 |
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