| 4. Round | 18/09/2016 | Atromitos | - | Panetolikos | 0:2 |  |
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| 5. Round | 24/09/2016 | Panetolikos | - | Panathinaikos | 0:0 | ||||
| 6. Round | 02/10/2016 | Platanias Chanion | - | Panetolikos | 0:0 | ||||
| 7. Round | 15/10/2016 | Panetolikos | - | AO Kerkyra | 4:0 |  |
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| 8. Round | 23/10/2016 | Levadiakos | - | Panetolikos | 2:1 | ||||
| 9. Round | 31/10/2016 | Panetolikos | - | PAS Giannina | 1:2 | |
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| 10. Round | 06/11/2016 | Panetolikos | - | AE Lárissa | 2:1 | ||||
| 18. Round | 29/01/2017 | Panetolikos | - | PAOK Saloniki | 0:1 | ||||
| 22. Round | 25/02/2017 | AO Kerkyra | - | Panetolikos | 0:0 | ||||
| 23. Round | 04/03/2017 | Panetolikos | - | Levadiakos | 2:0 | |
|||
| 24. Round | 11/03/2017 | PAS Giannina | - | Panetolikos | 0:0 | ||||
| 25. Round | 18/03/2017 | AE Lárissa | - | Panetolikos | 1:0 | |
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| 26. Round | 02/04/2017 | Panetolikos | - | Asteras Tripolis | 1:1 | |
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| 27. Round | 05/04/2017 | Xanthi FC | - | Panetolikos | 3:0 | |
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| 30. Round | 30/04/2017 | Panetolikos | - | Olympiakos Piraeus | 0:2 | |
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