| 2. Round | 11/09/2005 | Ionikos Nikea | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| 3. Round | 18/09/2005 | Levadiakos | - | Panathinaikos | 0:0 | ||||
| 4. Round | 24/09/2005 | Panathinaikos | - | Panionios GSS | 3:0 | ||||
| 6. Round | 15/10/2005 | Panathinaikos | - | Akratitos Liosion | 1:0 | ||||
| 7. Round | 23/10/2005 | AEK Athen | - | Panathinaikos | 3:0 | ||||
| 8. Round | 30/10/2005 | Panathinaikos | - | PAOK Saloniki | 1:0 | ||||
| 9. Round | 06/11/2005 | OFI Heraklion | - | Panathinaikos | 0:2 | ||||
| 11. Round | 26/11/2005 | Panathinaikos | - | Skoda Xanthi | 2:1 | ||||
| 12. Round | 03/12/2005 | Atromitos | - | Panathinaikos | 1:0 | ||||
| 13. Round | 11/12/2005 | Panathinaikos | - | Iraklis Saloniki | 2:2 | ||||
| 14. Round | 18/12/2005 | AO Egaleo | - | Panathinaikos | 0:2 | ||||
| 15. Round | 07/01/2006 | Panathinaikos | - | AE Lárissa | 3:0 | ||||
| 25. Round | 26/03/2006 | Apollon Kalamarias | - | Panathinaikos | 0:1 | ||||
| 26. Round | 02/04/2006 | Skoda Xanthi | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| 27. Round | 09/04/2006 | Panathinaikos | - | Atromitos | 4:3 | ||||
| 28. Round | 16/04/2006 | Iraklis Saloniki | - | Panathinaikos | 1:0 | ||||
| 30. Round | 14/05/2006 | AE Lárissa | - | Panathinaikos | 0:3 |
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