| 1. Round | 05/08/2006 | Atlante | - | Monarcas Morelia | 2:0 | ||||
| 2. Round | 12/08/2006 | Cruz Azul | - | Atlante | 2:1 | ||||
| 3. Round | 19/08/2006 | Atlante | - | Club San Luis | 1:0 | ||||
| 5. Round | 30/08/2006 | Atlante | - | UANL Tigres | 2:0 |  |
|||
| 6. Round | 03/09/2006 | Deportivo Guadalajara | - | Atlante | 1:1 | ||||
| 7. Round | 09/09/2006 | Atlante | - | Atlas Guadalajara | 0:2 | ||||
| 8. Round | 14/09/2006 | Club Necaxa | - | Atlante | 0:0 | ||||
| 12. Round | 08/10/2006 | Pumas UNAM | - | Atlante | 0:1 | ||||
| 13. Round | 14/10/2006 | Atlante | - | Deportivo Toluca | 2:2 | ||||
| 16. Round | 04/11/2006 | Atlante | - | CF América | 0:0 | ||||
| 17. Round | 12/11/2006 | CF Pachuca | - | Atlante | 2:2 |
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