| 4. Round | 17/09/2016 | Sud América | - | Danubio | 0:2 | ||||
| 5. Round | 25/09/2016 | Danubio | - | Plaza Colonia | 3:0 |  |
 |
||
| 6. Round | 01/10/2016 | Racing | - | Danubio | 4:2 | ||||
| 7. Round | 09/10/2016 | Danubio | - | Peñarol | 3:2 | ||||
| 8. Round | 16/10/2016 | CA Cerro | - | Danubio | 0:1 | ||||
| 9. Round | 23/10/2016 | Danubio | - | River Plate | 2:1 | ||||
| 10. Round | 29/10/2016 | Boston River | - | Danubio | 1:2 | ||||
| 11. Round | 13/11/2016 | Danubio | - | Juventud de Las Piedras | 1:1 | ||||
| 12. Round | 20/11/2016 | Danubio | - | Montevideo Wanderers | 0:1 | ||||
| 13. Round | 26/11/2016 | Defensor Sporting | - | Danubio | 0:0 | ||||
| 14. Round | 04/12/2016 | Fénix | - | Danubio | 4:1 | ||||
| 15. Round | 11/12/2016 | Danubio | - | Liverpool | 3:2 |
Uruguay