| 3. Round | 13/08/2016 | Mushuc Runa | - | Deportivo Cuenca | 3:2 | ||||
| 4. Round | 21/08/2016 | Aucas | - | Mushuc Runa | 0:1 | ||||
| 5. Round | 27/08/2016 | Mushuc Runa | - | El Nacional | 1:1 |  |
|||
| 6. Round | 04/09/2016 | Mushuc Runa | - | Delfín SC | 1:0 | ||||
| 8. Round | 18/09/2016 | Mushuc Runa | - | Emelec | 3:0 | ||||
| 10. Round | 25/09/2016 | Mushuc Runa | - | Universidad Catolica | 1:1 | ||||
| 11. Round | 01/10/2016 | Independiente del Valle | - | Mushuc Runa | 1:0 | ||||
| 13. Round | 15/10/2016 | Universidad Catolica | - | Mushuc Runa | 6:1 | ||||
| 17. Round | 05/11/2016 | Delfín SC | - | Mushuc Runa | 2:1 | |
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| 18. Round | 12/11/2016 | El Nacional | - | Mushuc Runa | 2:1 | ||||
| 19. Round | 20/11/2016 | Mushuc Runa | - | Aucas | 2:0 | ||||
| 20. Round | 27/11/2016 | Deportivo Cuenca | - | Mushuc Runa | 3:1 |
Ecuador