| 1. Round | 09/07/2016 | Club Nacional | - | Deportivo Capiatá | 2:2 | ||||
| 2. Round | 15/07/2016 | Deportivo Capiatá | - | Libertad | 0:1 | ||||
| 13. Round | 01/10/2016 | Libertad | - | Deportivo Capiatá | 1:1 | ||||
| 11. Round | 08/10/2016 | Deportivo Capiatá | - | Sol de América | 1:1 | ||||
| 15. Round | 23/10/2016 | Guaraní | - | Deportivo Capiatá | 1:1 | ||||
| 16. Round | 29/10/2016 | Deportivo Capiatá | - | Club Olimpia | 1:0 | ||||
| 18. Round | 18/11/2016 | Deportivo Capiatá | - | General Caballero ZC | 3:2 | ||||
| 19. Round | 26/11/2016 | River Plate | - | Deportivo Capiatá | 2:4 | ||||
| 21. Round | 12/12/2016 | Deportivo Capiatá | - | Cerro Porteño | 2:2 |  |
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