| 2. Round | 03/09/2016 | Peñarol | - | Fénix | 2:0 |  |
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| 3. Round | 10/09/2016 | Peñarol | - | Montevideo Wanderers | 0:1 | ||||
| 4. Round | 18/09/2016 | Boston River | - | Peñarol | 0:0 | ||||
| 5. Round | 25/09/2016 | Juventud de Las Piedras | - | Peñarol | 1:0 |  |
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| 6. Round | 01/10/2016 | Plaza Colonia | - | Peñarol | 0:0 | ||||
| 7. Round | 09/10/2016 | Danubio | - | Peñarol | 3:2 | ||||
| 10. Round | 29/10/2016 | Sud América | - | Peñarol | 1:4 | |
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| 11. Round | 13/11/2016 | Racing | - | Peñarol | 2:5 | ||||
| 12. Round | 19/11/2016 | Peñarol | - | CA Cerro | 1:2 | |
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| 14. Round | 03/12/2016 | River Plate | - | Peñarol | 3:1 | ||||
| 15. Round | 10/12/2016 | Peñarol | - | Defensor Sporting | 0:2 |
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