| 3. Round | 11/09/2016 | PAS Giannina | - | Atromitos | 3:0 | ||||
| 4. Round | 18/09/2016 | Panathinaikos | - | PAS Giannina | 4:0 | ||||
| 10. Round | 05/11/2016 | PAS Giannina | - | Asteras Tripolis | 1:2 |  |
|||
| 7. Round | 23/11/2016 | PAS Giannina | - | Levadiakos | 0:0 | ||||
| 13. Round | 05/12/2016 | AEP Iraklis FC | - | PAS Giannina | 2:1 | ||||
| 2. Round | 08/01/2017 | PAOK Saloniki | - | PAS Giannina | 0:1 | ||||
| 16. Round | 18/01/2017 | PAS Giannina | - | Panionios GSS | 1:0 | ||||
| 17. Round | 23/01/2017 | PAS Giannina | - | PAOK Saloniki | 0:1 | ||||
| 18. Round | 29/01/2017 | Atromitos | - | PAS Giannina | 1:1 | ||||
| 19. Round | 04/02/2017 | PAS Giannina | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| 20. Round | 12/02/2017 | Platanias Chanion | - | PAS Giannina | 3:3 | ||||
| 21. Round | 18/02/2017 | PAS Giannina | - | AO Kerkyra | 1:0 | ||||
| 25. Round | 19/03/2017 | Asteras Tripolis | - | PAS Giannina | 1:1 | ||||
| 26. Round | 01/04/2017 | PAS Giannina | - | Xanthi FC | 1:1 | ||||
| 27. Round | 05/04/2017 | Veria FC | - | PAS Giannina | 3:0 | ||||
| 28. Round | 09/04/2017 | PAS Giannina | - | AEP Iraklis FC | 1:2 | ||||
| 29. Round | 23/04/2017 | Olympiakos Piraeus | - | PAS Giannina | 5:0 | ||||
| 30. Round | 30/04/2017 | PAS Giannina | - | AEK Athen | 1:1 |
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