| 1. Round | 11/07/2016 | Volgar Astrakhan | - | Fakel Voronezh | 1:2 |  |
|||
| 2. Round | 16/07/2016 | Fakel Voronezh | - | Spartak Nalchik | 1:0 | ||||
| 3. Round | 23/07/2016 | Luch-Energiya Vladivostok | - | Fakel Voronezh | 0:2 | ||||
| 4. Round | 27/07/2016 | Fakel Voronezh | - | Spartak Moskva 2 | 1:1 | ||||
| 5. Round | 31/07/2016 | FK Tosno | - | Fakel Voronezh | 3:1 | ||||
| 6. Round | 06/08/2016 | Fakel Voronezh | - | FK Tambov | 3:0 | ||||
| 7. Round | 13/08/2016 | SKA-Khabarovsk | - | Fakel Voronezh | 1:1 | ||||
| 19. Round | 30/10/2016 | Fakel Voronezh | - | Zenit St. Petersburg 2 | 1:0 | ||||
| 20. Round | 05/11/2016 | Spartak Nalchik | - | Fakel Voronezh | 1:2 | ||||
| 30. Round | 08/04/2017 | Fakel Voronezh | - | FK Neftekhimik | 3:2 |  |
|||
| 31. Round | 12/04/2017 | Sokol Saratov | - | Fakel Voronezh | 2:1 | ||||
| 32. Round | 17/04/2017 | Fakel Voronezh | - | Shinnik Yaroslavl | 1:0 | |
|||
| 33. Round | 23/04/2017 | FK Tyumen | - | Fakel Voronezh | 3:1 | ||||
| 37. Round | 14/05/2017 | Zenit St. Petersburg 2 | - | Fakel Voronezh | 1:1 |
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