| 1. Round | 01/03/2024 | FC Flora | - | Nõmme United | 2:0 | ||||
| 5. Round | 06/04/2024 | FC Flora | - | JK Narva Trans | 4:3 |  |
|||
| 6. Round | 14/04/2024 | Pärnu JK Vaprus | - | FC Flora | 1:3 | ||||
| 19. Round | 17/04/2024 | FC Flora | - | Paide Linnameeskond | 1:3 | ||||
| 7. Round | 21/04/2024 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 2:2 | ||||
| 21. Round | 01/05/2024 | JK Tallinna Kalev | - | FC Flora | 0:3 | ||||
| 10. Round | 11/05/2024 | FC Flora | - | Pärnu JK Vaprus | 0:1 | ||||
| 11. Round | 18/05/2024 | JK Narva Trans | - | FC Flora | 1:3 | ||||
| 12. Round | 21/05/2024 | FC Flora | - | FC Kuressaare | 1:0 | ||||
| 13. Round | 29/05/2024 | JK Tallinna Kalev | - | FC Flora | 2:3 | |
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| 14. Round | 01/06/2024 | FC Flora | - | Paide Linnameeskond | 2:0 | ||||
| 16. Round | 19/06/2024 | FC Flora | - | JK Tammeka | 3:1 | ||||
| 17. Round | 29/06/2024 | Nõmme United | - | FC Flora | 1:1 | ||||
| 18. Round | 04/07/2024 | FCI Levadia | - | FC Flora | 1:0 | ||||
| 20. Round | 19/07/2024 | JK Tammeka | - | FC Flora | 2:0 |
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