| 1. Round | 05/08/2006 | Atlante | - | Monarcas Morelia | 2:0 | ||||
| 2. Round | 13/08/2006 | Monarcas Morelia | - | Club San Luis | 1:0 | ||||
| 3. Round | 20/08/2006 | UANL Tigres | - | Monarcas Morelia | 2:1 | ||||
| 4. Round | 27/08/2006 | Monarcas Morelia | - | Atlas Guadalajara | 1:1 |  |
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| 5. Round | 30/08/2006 | Veracruz (old) | - | Monarcas Morelia | 1:0 | ||||
| 6. Round | 03/09/2006 | Monarcas Morelia | - | Jaguares Chiapas | 2:1 | ||||
| 7. Round | 10/09/2006 | Deportivo Toluca | - | Monarcas Morelia | 2:1 | |
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| 8. Round | 14/09/2006 | Monarcas Morelia | - | Santos Laguna | 3:2 | |
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| 9. Round | 17/09/2006 | CF Pachuca | - | Monarcas Morelia | 2:0 | ||||
| 10. Round | 24/09/2006 | Monarcas Morelia | - | Cruz Azul | 4:4 | ||||
| 11. Round | 30/09/2006 | CF Monterrey | - | Monarcas Morelia | 2:0 | ||||
| 12. Round | 08/10/2006 | Monarcas Morelia | - | Deportivo Guadalajara | 3:2 | |
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| 14. Round | 22/10/2006 | Monarcas Morelia | - | Gallos Blancos (old) | 2:0 | |
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| 15. Round | 29/10/2006 | Pumas UNAM | - | Monarcas Morelia | 1:0 | ||||
| 16. Round | 05/11/2006 | Monarcas Morelia | - | UAG Tecos | 2:1 | ||||
| 13. Round | 09/11/2006 | Club Necaxa | - | Monarcas Morelia | 1:3 | ||||
| 17. Round | 12/11/2006 | CF América | - | Monarcas Morelia | 2:1 |
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