| 1. Round | 17/07/2016 | CF América | - | Chiapas FC | 2:0 | ||||
| 2. Round | 23/07/2016 | Chiapas FC | - | CF Pachuca | 0:2 |  |
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| 3. Round | 31/07/2016 | Chiapas FC | - | Deportivo Toluca | 1:0 | ||||
| 4. Round | 07/08/2016 | UANL Tigres | - | Chiapas FC | 1:0 | ||||
| 5. Round | 14/08/2016 | Chiapas FC | - | CD Veracruz | 1:1 | ||||
| 6. Round | 21/08/2016 | Monarcas Morelia | - | Chiapas FC | 3:2 | ||||
| 7. Round | 28/08/2016 | Chiapas FC | - | Puebla FC | 0:3 | |
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| 15. Round | 29/10/2016 | Chiapas FC | - | Gallos Blancos | 1:2 | ||||
| 16. Round | 07/11/2016 | Santos Laguna | - | Chiapas FC | 2:0 | ||||
| 17. Round | 19/11/2016 | Chiapas FC | - | Atlas Guadalajara | 1:0 |
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