| 1. Round | 18/09/2008 | FK Moskva | - | FC København | 1:2 | ||||
| 1. Round | 02/10/2008 | FC København | - | FK Moskva | 1:1 | ||||
| Group G | 23/10/2008 | FC København | - | AS Saint-Étienne | 1:3 | ||||
| Group G | 06/11/2008 | Valencia CF | - | FC København | 1:1 | ||||
| Group G | 04/12/2008 | FC København | - | Rosenborg BK | 1:1 | ||||
| Group G | 17/12/2008 | Club Brugge KV | - | FC København | 0:1 | ||||
| 3. Round | 19/02/2009 | FC København | - | Manchester City | 2:2 | ||||
| 3. Round | 26/02/2009 | Manchester City | - | FC København | 2:1 |  |
Sweden