| 3. Round | 12/09/2016 | AE Lárissa | - | AEP Iraklis FC | 2:2 | ||||
| 4. Round | 18/09/2016 | AO Kerkyra | - | AE Lárissa | 2:0 | ||||
| 5. Round | 25/09/2016 | AE Lárissa | - | Olympiakos Piraeus | 1:0 | ||||
| 6. Round | 01/10/2016 | Levadiakos | - | AE Lárissa | 1:1 | ||||
| 7. Round | 17/10/2016 | AE Lárissa | - | AEK Athen | 1:2 | ||||
| 8. Round | 23/10/2016 | PAS Giannina | - | AE Lárissa | 4:0 | ||||
| 9. Round | 29/10/2016 | AE Lárissa | - | Panionios GSS | 2:0 | ||||
| 10. Round | 06/11/2016 | Panetolikos | - | AE Lárissa | 2:1 | ||||
| 13. Round | 04/12/2016 | AE Lárissa | - | Atromitos | 1:2 | ||||
| 2. Round | 08/01/2017 | Platanias Chanion | - | AE Lárissa | 3:2 | ||||
| 11. Round | 01/02/2017 | AE Lárissa | - | PAOK Saloniki | 0:2 | ||||
| 19. Round | 04/02/2017 | AE Lárissa | - | AO Kerkyra | 1:1 | ||||
| 20. Round | 11/02/2017 | Olympiakos Piraeus | - | AE Lárissa | 2:0 | ||||
| 22. Round | 26/02/2017 | AEK Athen | - | AE Lárissa | 3:0 | ||||
| 24. Round | 11/03/2017 | Panionios GSS | - | AE Lárissa | 1:0 |  |
|||
| 25. Round | 18/03/2017 | AE Lárissa | - | Panetolikos | 1:0 | ||||
| 26. Round | 02/04/2017 | PAOK Saloniki | - | AE Lárissa | 2:0 | ||||
| 27. Round | 05/04/2017 | AE Lárissa | - | Asteras Tripolis | 1:4 | ||||
| 30. Round | 30/04/2017 | Panathinaikos | - | AE Lárissa | 2:0 |
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