| 16. Round | 07/01/2007 | Ionikos Nikea | - | Ergotelis | 1:3 | ||||
| 18. Round | 21/01/2007 | Apollon Kalamarias | - | Ionikos Nikea | 1:0 | ||||
| 20. Round | 04/02/2007 | AE Lárissa | - | Ionikos Nikea | 3:0 | ||||
| 21. Round | 11/02/2007 | Ionikos Nikea | - | AO Kerkyra | 0:0 | ||||
| 22. Round | 17/02/2007 | AO Egaleo | - | Ionikos Nikea | 3:1 | ||||
| 23. Round | 24/02/2007 | Atromitos | - | Ionikos Nikea | 1:0 | ||||
| 24. Round | 03/03/2007 | Ionikos Nikea | - | Skoda Xanthi | 0:2 | ||||
| 25. Round | 11/03/2007 | Panionios GSS | - | Ionikos Nikea | 2:0 | ||||
| 26. Round | 17/03/2007 | Ionikos Nikea | - | PAOK Saloniki | 0:2 | ||||
| 27. Round | 15/04/2007 | OFI Heraklion | - | Ionikos Nikea | 2:1 | ||||
| 28. Round | 22/04/2007 | Ionikos Nikea | - | AEK Athen | 1:5 | ||||
| 29. Round | 29/04/2007 | Iraklis Saloniki | - | Ionikos Nikea | 1:0 |
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