| 28. Round | 26/02/2000 | Atlético Madrid B | - | CD Logroñés | 0:1 | ||||
| 30. Round | 10/03/2000 | Atlético Madrid B | - | UD Salamanca | 2:1 | ||||
| 31. Round | 18/03/2000 | Albacete | - | Atlético Madrid B | 1:0 | ||||
| 34. Round | 08/04/2000 | Atlético Madrid B | - | SD Eibar | 2:0 | ||||
| 35. Round | 15/04/2000 | Elche CF | - | Atlético Madrid B | 1:1 | ||||
| 37. Round | 28/04/2000 | Levante UD | - | Atlético Madrid B | 3:0 | ||||
| 38. Round | 05/05/2000 | Atlético Madrid B | - | CD Tenerife | 2:1 |  |
|||
| 39. Round | 13/05/2000 | Sporting Gijón | - | Atlético Madrid B | 3:1 | |
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