| 1. Round | 30/08/2008 | OFI Heraklion | - | PAOK Saloniki | 0:2 | ||||
| 3. Round | 20/09/2008 | Panthrakikos | - | PAOK Saloniki | 0:1 | ||||
| 4. Round | 28/09/2008 | PAOK Saloniki | - | Aris Saloniki | 1:0 | ||||
| 5. Round | 04/10/2008 | Ergotelis | - | PAOK Saloniki | 0:0 | ||||
| 6. Round | 19/10/2008 | PAOK Saloniki | - | Panathinaikos | 0:0 | ||||
| 7. Round | 25/10/2008 | PAOK Saloniki | - | Levadiakos | 3:1 | ||||
| 8. Round | 02/11/2008 | Iraklis Saloniki | - | PAOK Saloniki | 1:1 |  |
|||
| 11. Round | 23/11/2008 | PAOK Saloniki | - | AE Lárissa | 1:0 | ||||
| 13. Round | 07/12/2008 | PAOK Saloniki | - | Asteras Tripolis | 1:1 | ||||
| 14. Round | 13/12/2008 | PAOK Saloniki | - | Skoda Xanthi | 1:0 | ||||
| 15. Round | 20/12/2008 | Panserraikos | - | PAOK Saloniki | 1:1 | ||||
| 16. Round | 04/01/2009 | PAOK Saloniki | - | OFI Heraklion | 2:0 | ||||
| 17. Round | 11/01/2009 | AEK Athen | - | PAOK Saloniki | 1:0 | ||||
| 20. Round | 01/02/2009 | PAOK Saloniki | - | Ergotelis | 2:0 | ||||
| 24. Round | 01/03/2009 | Panionios GSS | - | PAOK Saloniki | 1:2 | ||||
| 26. Round | 14/03/2009 | AE Lárissa | - | PAOK Saloniki | 0:0 |
Greece