| 23. Round | 06/02/2010 | FC Ingolstadt 04 | - | VfL Osnabrück | 0:0 |  |
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| 25. Round | 20/02/2010 | FC Ingolstadt 04 | - | Holstein Kiel | 1:0 | ||||
| 26. Round | 27/02/2010 | Wacker Burghausen | - | FC Ingolstadt 04 | 4:2 | |
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| 27. Round | 06/03/2010 | FC Ingolstadt 04 | - | Eintracht Braunschweig | 3:3 | |
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| 22. Round | 09/03/2010 | Rot-Weiß Erfurt | - | FC Ingolstadt 04 | 2:1 | ||||
| 29. Round | 20/03/2010 | FC Ingolstadt 04 | - | Kickers Offenbach | 1:0 | ||||
| 24. Round | 24/03/2010 | Borussia Dortmund II | - | FC Ingolstadt 04 | 0:1 | |
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| 30. Round | 27/03/2010 | FC Ingolstadt 04 | - | Jahn Regensburg | 2:2 | ||||
| 31. Round | 30/03/2010 | SpVgg Unterhaching | - | FC Ingolstadt 04 | 1:2 | ||||
| 20. Round | 06/04/2010 | Bayern München II | - | FC Ingolstadt 04 | 1:0 | ||||
| 33. Round | 10/04/2010 | Dynamo Dresden | - | FC Ingolstadt 04 | 2:0 | ||||
| 38. Round | 08/05/2010 | FC Ingolstadt 04 | - | SV Sandhausen | 1:1 |
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