| 2. Round | 08/08/1998 | Bayern München II | - | TSV 1860 München II | 3:1 | ||||
| 23. Round | 20/03/1999 | VfR Mannheim | - | Bayern München II | 1:3 | ||||
| 24. Round | 27/03/1999 | Bayern München II | - | SC Neukirchen | 2:1 | ||||
| 25. Round | 03/04/1999 | TSF Ditzingen | - | Bayern München II | 0:2 |  |
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| 26. Round | 11/04/1999 | Bayern München II | - | Kickers Offenbach | 1:3 | ||||
| 27. Round | 17/04/1999 | FC Augsburg | - | Bayern München II | 2:1 | ||||
| 28. Round | 24/04/1999 | SSV Reutlingen | - | Bayern München II | 1:0 | ||||
| 29. Round | 02/05/1999 | Bayern München II | - | SV Wehen-Taunusstein | 0:0 | ||||
| 30. Round | 07/05/1999 | Wacker Burghausen | - | Bayern München II | 0:0 | ||||
| 31. Round | 12/05/1999 | Bayern München II | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 1:5 | ||||
| 32. Round | 16/05/1999 | Waldhof Mannheim | - | Bayern München II | 2:0 |  |
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| 33. Round | 21/05/1999 | Bayern München II | - | SC Pfullendorf | 0:1 | |
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| 34. Round | 28/05/1999 | VfB Stuttgart II | - | Bayern München II | 2:2 | |
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