| 3. Round | 06/08/2005 | Preußen Münster | - | Chemnitzer FC | 2:1 |  |
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| 5. Round | 24/08/2005 | Preußen Münster | - | Holstein Kiel | 3:1 | ||||
| 6. Round | 27/08/2005 | VfL Osnabrück | - | Preußen Münster | 1:0 |  |
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| 7. Round | 03/09/2005 | Preußen Münster | - | SG Wattenscheid 09 | 0:4 | ||||
| 8. Round | 10/09/2005 | Rot-Weiss Essen | - | Preußen Münster | 2:0 | ||||
| 9. Round | 16/09/2005 | Preußen Münster | - | 1. FC Köln II | 0:2 | ||||
| 11. Round | 24/09/2005 | Preußen Münster | - | Hamburger SV II | 1:0 | ||||
| 12. Round | 02/10/2005 | Werder Bremen II | - | Preußen Münster | 1:1 | |
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| 13. Round | 15/10/2005 | Preußen Münster | - | Rot-Weiß Erfurt | 2:2 | |
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| 14. Round | 22/10/2005 | Kickers Emden | - | Preußen Münster | 0:0 | ||||
| 15. Round | 28/10/2005 | Preußen Münster | - | VfB Lübeck | 2:2 | ||||
| 16. Round | 04/11/2005 | Fortuna Düsseldorf | - | Preußen Münster | 1:0 | |
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| 17. Round | 12/11/2005 | Preußen Münster | - | Rot-Weiß Oberhausen | 1:2 | |
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| 18. Round | 19/11/2005 | Wuppertaler SV | - | Preußen Münster | 4:0 | ||||
| 19. Round | 06/12/2005 | Preußen Münster | - | Bayer Leverkusen II | 1:3 |
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