| 1. Round | 20/08/2006 | AO Kerkyra | - | Apollon Kalamarias | 2:1 | ||||
| 2. Round | 27/08/2006 | Aris Saloniki | - | AO Kerkyra | 0:0 |  |
|||
| 3. Round | 10/09/2006 | AO Kerkyra | - | AE Lárissa | 0:0 |  |
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| 5. Round | 24/09/2006 | AO Egaleo | - | AO Kerkyra | 2:1 | |
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| 6. Round | 01/10/2006 | AO Kerkyra | - | Ionikos Nikea | 2:0 | ||||
| 7. Round | 22/10/2006 | Skoda Xanthi | - | AO Kerkyra | 1:1 | |
|||
| 9. Round | 04/11/2006 | PAOK Saloniki | - | AO Kerkyra | 1:0 | ||||
| 10. Round | 12/11/2006 | AO Kerkyra | - | OFI Heraklion | 1:0 | ||||
| 11. Round | 18/11/2006 | AEK Athen | - | AO Kerkyra | 4:1 | ||||
| 12. Round | 26/11/2006 | Iraklis Saloniki | - | AO Kerkyra | 1:0 | ||||
| 13. Round | 02/12/2006 | AO Kerkyra | - | Olympiakos Piraeus | 0:2 | ||||
| 14. Round | 10/12/2006 | Ergotelis | - | AO Kerkyra | 1:1 | ||||
| 15. Round | 17/12/2006 | AO Kerkyra | - | Panathinaikos | 3:1 | ||||
| 16. Round | 07/01/2007 | Apollon Kalamarias | - | AO Kerkyra | 1:0 | |
|||
| 17. Round | 14/01/2007 | AO Kerkyra | - | Aris Saloniki | 1:1 | ||||
| 21. Round | 11/02/2007 | Ionikos Nikea | - | AO Kerkyra | 0:0 | ||||
| 22. Round | 18/02/2007 | AO Kerkyra | - | Skoda Xanthi | 0:0 | ||||
| 23. Round | 25/02/2007 | Panionios GSS | - | AO Kerkyra | 3:1 |
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