| 4. Round | 24/08/2008 | Viktoria Žižkov | - | Baník Ostrava | 0:3 | ||||
| 6. Round | 14/09/2008 | Viktoria Žižkov | - | Bohemians Praha | 4:2 |  |
|||
| 8. Round | 28/09/2008 | Viktoria Žižkov | - | FK Mladá Boleslav | 1:2 |  |
|||
| 9. Round | 05/10/2008 | Sigma Olomouc | - | Viktoria Žižkov | 2:0 | ||||
| 10. Round | 19/10/2008 | Viktoria Žižkov | - | 1. FC Brno | 1:1 | |
|||
| 11. Round | 26/10/2008 | SK Kladno | - | Viktoria Žižkov | 1:0 | ||||
| 14. Round | 16/11/2008 | Slavia Praha | - | Viktoria Žižkov | 2:1 | ||||
| 15. Round | 23/11/2008 | Viktoria Žižkov | - | 1. FK Příbram | 2:0 | ||||
| 18. Round | 28/02/2009 | Baník Ostrava | - | Viktoria Žižkov | 0:0 | ||||
| 19. Round | 08/03/2009 | Viktoria Žižkov | - | AC Sparta Praha | 1:2 | |
|||
| 21. Round | 22/03/2009 | Viktoria Žižkov | - | FK Baumit Jablonec | 0:1 | |
|||
| 26. Round | 03/05/2009 | Viktoria Žižkov | - | Dynamo České Budějovice | 2:1 | ||||
| 27. Round | 09/05/2009 | Slovan Liberec | - | Viktoria Žižkov | 2:1 | ||||
| 28. Round | 18/05/2009 | Viktoria Žižkov | - | Slavia Praha | 1:3 | ||||
| 29. Round | 23/05/2009 | 1. FK Příbram | - | Viktoria Žižkov | 3:0 |
Czech Republic