| 16. Round | 21/02/1999 | Viktoria Žižkov | - | FC Petra Drnovice | 0:1 | ||||
| 18. Round | 07/03/1999 | Viktoria Žižkov | - | Slovan Liberec | 0:3 | ||||
| 22. Round | 11/04/1999 | Viktoria Žižkov | - | FC Dukla Pribram | 1:1 | ||||
| 23. Round | 19/04/1999 | Baník Ostrava | - | Viktoria Žižkov | 2:1 | ||||
| 24. Round | 25/04/1999 | Viktoria Žižkov | - | FC Boby-sport Brno | 0:2 |  |
|||
| 25. Round | 02/05/1999 | Viktoria Žižkov | - | Sigma Olomouc | 2:0 | ||||
| 26. Round | 09/05/1999 | FK Jablonec 97 | - | Viktoria Žižkov | 0:1 | ||||
| 27. Round | 12/05/1999 | Viktoria Žižkov | - | AC Sparta Praha | 1:6 | ||||
| 28. Round | 16/05/1999 | SK Hradec Králové | - | Viktoria Žižkov | 0:1 | |
|||
| 29. Round | 22/05/1999 | Viktoria Žižkov | - | Viktoria Plzeň | 3:0 | ||||
| 30. Round | 30/05/1999 | FC Karviná | - | Viktoria Žižkov | 1:1 |
Slovakia