| 22. Round | 29/01/1999 | FC Sochaux | - | AJ Auxerre | 1:1 | ||||
| 23. Round | 06/02/1999 | AJ Auxerre | - | Toulouse FC | 1:2 | ||||
| 25. Round | 25/02/1999 | AJ Auxerre | - | RC Lens | 1:2 | ||||
| 26. Round | 09/03/1999 | Olympique Lyonnais | - | AJ Auxerre | 2:1 | ||||
| 24. Round | 13/03/1999 | RC Strasbourg | - | AJ Auxerre | 2:1 | ||||
| 27. Round | 19/03/1999 | AJ Auxerre | - | Paris Saint-Germain | 0:1 |  |
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| 30. Round | 23/04/1999 | AJ Auxerre | - | Montpellier HSC | 2:2 | ||||
| 31. Round | 30/04/1999 | FC Metz | - | AJ Auxerre | 2:0 | ||||
| 33. Round | 21/05/1999 | Olympique Marseille | - | AJ Auxerre | 1:0 | ||||
| 34. Round | 28/05/1999 | AJ Auxerre | - | Stade Rennais | 2:0 |  |
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Chile