| 1. Round | 02/08/1998 | SpVgg Erkenschwick | - | Bayer Leverkusen II | 2:4 | ||||
| 2. Round | 11/08/1998 | Bayer Leverkusen II | - | Wuppertaler SV | 3:3 |  |
|||
| 3. Round | 16/08/1998 | LR Ahlen | - | Bayer Leverkusen II | 1:3 | ||||
| 4. Round | 23/08/1998 | Bayer Leverkusen II | - | Eintracht Trier | 1:0 | ||||
| 19. Round | 12/12/1998 | Wuppertaler SV | - | Bayer Leverkusen II | 4:0 | ||||
| 23. Round | 07/03/1999 | 1. FC Saarbrücken | - | Bayer Leverkusen II | 2:2 | ||||
| 24. Round | 14/03/1999 | Bayer Leverkusen II | - | 1. FC Kaiserslautern II | 2:1 |  |
|||
| 25. Round | 21/03/1999 | SC Paderborn 07 | - | Bayer Leverkusen II | 3:0 | ||||
| 27. Round | 11/04/1999 | FC Remscheid | - | Bayer Leverkusen II | 0:3 |  |
|||
| 20. Round | 14/04/1999 | Bayer Leverkusen II | - | LR Ahlen | 0:0 | ||||
| 28. Round | 18/04/1999 | Bayer Leverkusen II | - | Alemannia Aachen | 1:3 | |
|||
| 30. Round | 02/05/1999 | Bayer Leverkusen II | - | FC 08 Homburg | 1:1 | ||||
| 32. Round | 16/05/1999 | SC Verl | - | Bayer Leverkusen II | 1:2 | ||||
| 33. Round | 24/05/1999 | Bayer Leverkusen II | - | SV 07 Elversberg | 3:0 | ||||
| 34. Round | 30/05/1999 | Preußen Münster | - | Bayer Leverkusen II | 2:2 | |
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