| 1. Round | 22/08/2009 | Skoda Xanthi | - | PAS Giannina | 1:1 | ||||
| 3. Round | 12/09/2009 | Aris Saloniki | - | PAS Giannina | 1:0 | ||||
| 6. Round | 03/10/2009 | PAS Giannina | - | AO Kavala | 2:1 | ||||
| 7. Round | 17/10/2009 | PAOK Saloniki | - | PAS Giannina | 2:0 |  |
|||
| 8. Round | 24/10/2009 | Panionios GSS | - | PAS Giannina | 3:1 | ||||
| 9. Round | 01/11/2009 | PAS Giannina | - | Levadiakos | 1:1 | ||||
| 11. Round | 21/11/2009 | PAS Giannina | - | Olympiakos Piraeus | 2:2 | |
|||
| 12. Round | 29/11/2009 | Atromitos | - | PAS Giannina | 2:1 | |
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| 13. Round | 06/12/2009 | PAS Giannina | - | Iraklis Saloniki | 2:3 | ||||
| 16. Round | 06/01/2010 | PAS Giannina | - | Skoda Xanthi | 0:0 | ||||
| 17. Round | 10/01/2010 | Panthrakikos | - | PAS Giannina | 1:2 | ||||
| 23. Round | 21/02/2010 | PAS Giannina | - | Panionios GSS | 2:3 | |
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| 24. Round | 28/02/2010 | Levadiakos | - | PAS Giannina | 4:1 | ||||
| 25. Round | 07/03/2010 | PAS Giannina | - | Asteras Tripolis | 1:0 | |
|||
| 27. Round | 21/03/2010 | PAS Giannina | - | Atromitos | 1:0 | |
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| 28. Round | 28/03/2010 | Iraklis Saloniki | - | PAS Giannina | 2:0 | |
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