| 12. Round | 23/11/2013 | Apollon Smyrnis | - | OFI Heraklion | 0:1 |  |
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| 13. Round | 30/11/2013 | Apollon Smyrnis | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| 14. Round | 08/12/2013 | PAOK Saloniki | - | Apollon Smyrnis | 0:0 | ||||
| 15. Round | 15/12/2013 | Apollon Smyrnis | - | Panthrakikos | 3:2 | |
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| 16. Round | 18/12/2013 | Ergotelis | - | Apollon Smyrnis | 2:2 | |
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| 17. Round | 21/12/2013 | Apollon Smyrnis | - | Olympiakos Piraeus | 0:5 |  |
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| 19. Round | 12/01/2014 | Apollon Smyrnis | - | PAS Giannina | 4:0 | ||||
| 20. Round | 19/01/2014 | Apollon Smyrnis | - | Asteras Tripolis | 1:2 | ||||
| 21. Round | 25/01/2014 | AEL Kalloni | - | Apollon Smyrnis | 0:0 | ||||
| 22. Round | 02/02/2014 | Apollon Smyrnis | - | Atromitos | 2:3 | ||||
| 23. Round | 05/02/2014 | Levadiakos | - | Apollon Smyrnis | 1:1 | ||||
| 24. Round | 08/02/2014 | Apollon Smyrnis | - | Skoda Xanthi | 2:0 | ||||
| 25. Round | 16/02/2014 | Panetolikos | - | Apollon Smyrnis | 2:1 | ||||
| 26. Round | 22/02/2014 | Apollon Smyrnis | - | Panionios GSS | 1:2 | |
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| 28. Round | 09/03/2014 | Apollon Smyrnis | - | Platanias Chanion | 3:1 | |
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| 31. Round | 27/03/2014 | Apollon Smyrnis | - | PAOK Saloniki | 3:3 | |
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| 32. Round | 30/03/2014 | Panthrakikos | - | Apollon Smyrnis | 2:3 |
Greece