| 2. Round | 12/09/2016 | FK Kukësi | - | KF Teuta Durrës | 3:0 | ||||
| 4. Round | 24/09/2016 | KF Laçi | - | FK Kukësi | 0:0 | ||||
| 5. Round | 01/10/2016 | FK Kukësi | - | FK Partizani | 1:0 | ||||
| 6. Round | 12/10/2016 | Flamurtari Vlorë | - | FK Kukësi | 1:1 | ||||
| 7. Round | 16/10/2016 | FK Kukësi | - | KS Korabi Peshkopi | 2:0 | ||||
| 11. Round | 21/11/2016 | KF Teuta Durrës | - | FK Kukësi | 1:2 | ||||
| 13. Round | 30/11/2016 | FK Kukësi | - | KF Laçi | 2:0 | ||||
| 15. Round | 10/12/2016 | FK Kukësi | - | Flamurtari Vlorë | 1:0 | ||||
| 16. Round | 14/12/2016 | KS Korabi Peshkopi | - | FK Kukësi | 1:1 | ||||
| 19. Round | 27/01/2017 | FK Vllaznia | - | FK Kukësi | 0:1 | ||||
| 30. Round | 23/04/2017 | FK Kukësi | - | KF Tiranë | 4:1 | ||||
| 34. Round | 15/05/2017 | KS Korabi Peshkopi | - | FK Kukësi | 1:3 |
Albania