| 1. Round | 27/01/2024 | FBC Melgar | - | Cusco FC | 2:3 | ||||
| 2. Round | 02/02/2024 | Cusco FC | - | Universidad Técnica | 1:1 | ||||
| 3. Round | 11/02/2024 | Sport Huancayo | - | Cusco FC | 2:0 | ||||
| 4. Round | 17/02/2024 | Cusco FC | - | Deportivo Garcilaso | 1:0 | ||||
| 5. Round | 24/02/2024 | Sport Boys | - | Cusco FC | 3:0 | ||||
| 6. Round | 03/03/2024 | Universidad Cesar Vallejo | - | Cusco FC | 2:2 |  |
|||
| 7. Round | 07/03/2024 | Cusco FC | - | Alianza Atlético | 2:0 | ||||
| 8. Round | 13/03/2024 | Universitario de Deportes | - | Cusco FC | 1:0 | |
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| 9. Round | 30/03/2024 | Cusco FC | - | Unión Comercio | 1:0 | ||||
| 10. Round | 08/04/2024 | Comerciantes Unidos | - | Cusco FC | 0:1 | ||||
| 11. Round | 14/04/2024 | Cusco FC | - | AD Tarma | 3:2 | ||||
| 12. Round | 21/04/2024 | Sporting Cristal | - | Cusco FC | 2:0 | ||||
| 13. Round | 27/04/2024 | Cusco FC | - | Cienciano | 2:0 | ||||
| 14. Round | 04/05/2024 | Los Chankas | - | Cusco FC | 2:0 | |
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| 16. Round | 17/05/2024 | Atlético Grau | - | Cusco FC | 4:0 | ||||
| 17. Round | 25/05/2024 | Cusco FC | - | Alianza Lima | 3:0 |
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