| 1. Round | 11/01/2003 | Atlante | - | CF Monterrey | 1:1 | ||||
| 2. Round | 17/01/2003 | Deportivo Toluca | - | Atlante | 2:3 |  |
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| 3. Round | 25/01/2003 | Atlante | - | Atlas Guadalajara | 2:4 | |
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| 4. Round | 01/02/2003 | Gallos Blancos (old) | - | Atlante | 1:0 | ||||
| 5. Round | 08/02/2003 | Atlante | - | Puebla FC | 3:1 | |
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| 6. Round | 15/02/2003 | CF América | - | Atlante | 1:0 | ||||
| 7. Round | 22/02/2003 | Atlante | - | Jaguares Chiapas | 5:1 | |
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| 8. Round | 28/02/2003 | Cruz Azul | - | Atlante | 1:3 | |
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| 9. Round | 08/03/2003 | Atlante | - | UAG Tecos | 3:2 | |
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| 11. Round | 22/03/2003 | Atlante | - | CF Pachuca | 2:1 | |
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| 13. Round | 05/04/2003 | Atlante | - | Real San Luis | 3:1 | |
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| 14. Round | 12/04/2003 | Santos Laguna | - | Atlante | 1:0 | ||||
| 15. Round | 19/04/2003 | Atlante | - | Club Necaxa | 4:1 | |
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| 16. Round | 25/04/2003 | Atlético Cuernavaca | - | Atlante | 1:1 | ||||
| 18. Round | 10/05/2003 | Atlante | - | Pumas UNAM | 3:1 |
Chile