| 6. Round | 19/04/2008 | Krylia Sovetov | - | FK Tom Tomsk | 3:0 | ||||
| 19. Round | 23/08/2008 | Shinnik Yaroslavl | - | FK Tom Tomsk | 0:1 |  |
|||
| 20. Round | 31/08/2008 | FK Tom Tomsk | - | Krylia Sovetov | 0:4 | ||||
| 21. Round | 13/09/2008 | FK Saturn | - | FK Tom Tomsk | 2:0 | ||||
| 22. Round | 21/09/2008 | FK Tom Tomsk | - | Terek Grozny | 2:0 | ||||
| 23. Round | 27/09/2008 | CSKA Moskva | - | FK Tom Tomsk | 2:1 |  |
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| 27. Round | 02/11/2008 | Spartak Nalchik | - | FK Tom Tomsk | 1:1 | ||||
| 28. Round | 07/11/2008 | FK Khimki | - | FK Tom Tomsk | 1:1 | |
|||
| 30. Round | 22/11/2008 | Dinamo Moskva | - | FK Tom Tomsk | 2:0 |
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