| 5. Round | 28/02/2016 | Club Deportivo River Plate Ecuador | - | Deportivo Cuenca | 1:3 | ||||
| 6. Round | 06/03/2016 | Deportivo Cuenca | - | Fuerza Amarilla | 3:0 | ||||
| 8. Round | 19/03/2016 | Deportivo Cuenca | - | Aucas | 2:2 | ||||
| 9. Round | 26/03/2016 | Mushuc Runa | - | Deportivo Cuenca | 0:1 | ||||
| 10. Round | 02/04/2016 | Deportivo Cuenca | - | Barcelona | 1:2 | ||||
| 13. Round | 05/05/2016 | Barcelona | - | Deportivo Cuenca | 2:2 | ||||
| 15. Round | 14/05/2016 | Aucas | - | Deportivo Cuenca | 1:2 | ||||
| 17. Round | 26/06/2016 | Fuerza Amarilla | - | Deportivo Cuenca | 0:0 | ||||
| 18. Round | 02/07/2016 | Deportivo Cuenca | - | Club Deportivo River Plate Ecuador | 2:3 | ||||
| 19. Round | 09/07/2016 | Emelec | - | Deportivo Cuenca | 3:0 | ||||
| 20. Round | 14/07/2016 | Deportivo Cuenca | - | Delfín SC | 1:1 | ||||
| 21. Round | 17/07/2016 | El Nacional | - | Deportivo Cuenca | 3:3 | ||||
| 22. Round | 23/07/2016 | Deportivo Cuenca | - | Independiente del Valle | 1:0 |
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