| 1. Round | 31/07/2016 | El Nacional | - | Deportivo Cuenca | 2:3 | ||||
| 3. Round | 13/08/2016 | Mushuc Runa | - | Deportivo Cuenca | 3:2 | ||||
| 6. Round | 03/09/2016 | Deportivo Cuenca | - | Fuerza Amarilla | 3:2 |  |
|||
| 7. Round | 10/09/2016 | Independiente del Valle | - | Deportivo Cuenca | 0:1 | ||||
| 8. Round | 17/09/2016 | Deportivo Cuenca | - | Universidad Catolica | 0:1 | ||||
| 9. Round | 21/09/2016 | Delfín SC | - | Deportivo Cuenca | 2:2 | ||||
| 10. Round | 25/09/2016 | Deportivo Cuenca | - | Barcelona | 0:1 | ||||
| 11. Round | 01/10/2016 | LDU Quito | - | Deportivo Cuenca | 1:2 | ||||
| 15. Round | 23/10/2016 | Universidad Catolica | - | Deportivo Cuenca | 3:2 | |
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| 17. Round | 04/11/2016 | Fuerza Amarilla | - | Deportivo Cuenca | 3:0 | ||||
| 18. Round | 24/11/2016 | Deportivo Cuenca | - | Emelec | 2:2 | ||||
| 20. Round | 27/11/2016 | Deportivo Cuenca | - | Mushuc Runa | 3:1 |
Ecuador