| 1. Round | 20/08/2016 | Levante UD B | - | Atlético Baleares | 0:1 | ||||
| 14. Round | 13/11/2016 | Atlético Baleares | - | Espanyol Barcelona B | 0:0 |  |
|||
| 15. Round | 20/11/2016 | CD Ebro | - | Atlético Baleares | 0:0 | ||||
| 16. Round | 27/11/2016 | Atlético Baleares | - | Atlético Saguntino | 1:1 | ||||
| 17. Round | 04/12/2016 | Hércules CF | - | Atlético Baleares | 2:0 | ||||
| 18. Round | 11/12/2016 | Atlético Baleares | - | Villarreal CF B | 2:2 | ||||
| 19. Round | 18/12/2016 | CD Alcoyano | - | Atlético Baleares | 1:1 | ||||
| 20. Round | 08/01/2017 | Atlético Baleares | - | Levante UD B | 1:1 | ||||
| 21. Round | 14/01/2017 | RCD Mallorca B | - | Atlético Baleares | 0:0 | ||||
| 22. Round | 22/01/2017 | Atlético Baleares | - | UE Cornellà | 1:0 | ||||
| 23. Round | 29/01/2017 | CF Gavà | - | Atlético Baleares | 1:2 | ||||
| 26. Round | 19/02/2017 | Atlético Baleares | - | UE Llagostera | 0:0 | ||||
| 28. Round | 05/03/2017 | Atlético Baleares | - | CD Eldense | 5:0 |  |
|||
| 31. Round | 26/03/2017 | CE L'Hospitalet | - | Atlético Baleares | 0:4 | ||||
| 32. Round | 02/04/2017 | Atlético Baleares | - | AE Prat | 1:0 | ||||
| 35. Round | 23/04/2017 | Atlético Saguntino | - | Atlético Baleares | 0:0 | |
Austria