| 13. Round | 12/12/1998 | Ionikos Nikea | - | Veria FC | 1:0 | ||||
| 14. Round | 19/12/1998 | OFI Heraklion | - | Ionikos Nikea | 2:1 |  |
|||
| 15. Round | 15/01/1999 | Ionikos Nikea | - | Paniliakos Pyrgos | 1:1 | |
|||
| 17. Round | 29/01/1999 | Ionikos Nikea | - | Ethnikos Asteras | 5:0 | ||||
| 18. Round | 06/02/1999 | PAOK Saloniki | - | Ionikos Nikea | 0:0 | |
|||
| 19. Round | 13/02/1999 | Panionios GSS | - | Ionikos Nikea | 0:2 | ||||
| 20. Round | 19/02/1999 | Ionikos Nikea | - | Aris Saloniki | 3:0 | ||||
| 21. Round | 27/02/1999 | AO Kavala | - | Ionikos Nikea | 1:3 | ||||
| 22. Round | 06/03/1999 | Ionikos Nikea | - | Panathinaikos | 4:4 | |
|||
| 23. Round | 13/03/1999 | Ethnikos Piraeus | - | Ionikos Nikea | 1:2 |  |
|||
| 24. Round | 20/03/1999 | Ionikos Nikea | - | Iraklis Saloniki | 0:2 | |
|||
| 27. Round | 24/04/1999 | Ionikos Nikea | - | AEK Athen | 2:1 | |
|||
| 28. Round | 01/05/1999 | Apollon Smyrnis | - | Ionikos Nikea | 1:1 | ||||
| 29. Round | 08/05/1999 | Ionikos Nikea | - | Panelefsiniakos Elefsinas | 3:0 | |
|||
| 30. Round | 11/05/1999 | Veria FC | - | Ionikos Nikea | 0:2 | |
|
||
| 33. Round | 22/05/1999 | Ionikos Nikea | - | AO Proodeftiki | 2:0 | |
|||
| 34. Round | 29/05/1999 | Ethnikos Asteras | - | Ionikos Nikea | 1:1 |
Greece