| 8. Round | 20/09/2003 | 1. FSV Mainz 05 II | - | SC Pfullendorf | 0:2 | ||||
| 9. Round | 28/09/2003 | VfB Stuttgart II | - | 1. FSV Mainz 05 II | 2:0 | ||||
| 10. Round | 04/10/2003 | 1. FSV Mainz 05 II | - | 1. SC Feucht | 3:2 | ||||
| 14. Round | 01/11/2003 | 1. FC Saarbrücken | - | 1. FSV Mainz 05 II | 0:3 | ||||
| 15. Round | 08/11/2003 | 1. FSV Mainz 05 II | - | VfR Aalen | 1:3 | ||||
| 17. Round | 22/11/2003 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Sportfreunde Siegen | 1:1 | ||||
| 19. Round | 07/12/2003 | 1. FC Kaiserslautern II | - | 1. FSV Mainz 05 II | 0:1 | ||||
| 22. Round | 13/03/2004 | 1. FSV Mainz 05 II | - | SV 07 Elversberg | 2:0 | ||||
| 21. Round | 06/04/2004 | 1. FC Eschborn | - | 1. FSV Mainz 05 II | 1:2 | ||||
| 26. Round | 12/04/2004 | 1. FSV Mainz 05 II | - | VfB Stuttgart II | 1:0 | ||||
| 28. Round | 24/04/2004 | SV Wehen-Taunusstein | - | 1. FSV Mainz 05 II | 2:0 | ||||
| 29. Round | 01/05/2004 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:2 |  |
|||
| 30. Round | 08/05/2004 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | 1. FSV Mainz 05 II | 1:0 |
Slovenia