| 1. Round | 20/08/2006 | AE Lárissa | - | Aris Saloniki | 1:1 |  |
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| 2. Round | 27/08/2006 | AE Lárissa | - | Atromitos | 2:1 | ||||
| 8. Round | 29/10/2006 | AE Lárissa | - | PAOK Saloniki | 1:2 | |
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| 9. Round | 04/11/2006 | OFI Heraklion | - | AE Lárissa | 0:0 | |
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| 10. Round | 12/11/2006 | AEK Athen | - | AE Lárissa | 5:0 | ||||
| 11. Round | 19/11/2006 | AE Lárissa | - | Iraklis Saloniki | 0:1 | |
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| 12. Round | 26/11/2006 | Olympiakos Piraeus | - | AE Lárissa | 4:0 | ||||
| 16. Round | 07/01/2007 | Aris Saloniki | - | AE Lárissa | 1:1 | ||||
| 18. Round | 21/01/2007 | AE Lárissa | - | AO Kerkyra | 2:2 | ||||
| 22. Round | 18/02/2007 | AE Lárissa | - | Panionios GSS | 1:0 | |
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| 23. Round | 24/02/2007 | PAOK Saloniki | - | AE Lárissa | 1:3 | ||||
| 25. Round | 11/03/2007 | AE Lárissa | - | AEK Athen | 0:1 | |
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| 29. Round | 29/04/2007 | AE Lárissa | - | Panathinaikos | 1:1 | |
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