| 2. Round | 29/08/1998 | Ionikos Nikea | - | Panionios GSS | 4:3 | ||||
| 14. Round | 20/12/1998 | Skoda Xanthi | - | Panionios GSS | 1:0 | ||||
| 16. Round | 22/01/1999 | Olympiakos Piraeus | - | Panionios GSS | 5:0 | ||||
| 18. Round | 07/02/1999 | AEK Athen | - | Panionios GSS | 3:0 | ||||
| 19. Round | 13/02/1999 | Panionios GSS | - | Ionikos Nikea | 0:2 | ||||
| 20. Round | 20/02/1999 | Apollon Smyrnis | - | Panionios GSS | 0:0 | ||||
| 21. Round | 27/02/1999 | Panionios GSS | - | Aris Saloniki | 3:2 | ||||
| 22. Round | 07/03/1999 | Panelefsiniakos Elefsinas | - | Panionios GSS | 1:0 |  |
|||
| 27. Round | 25/04/1999 | Panionios GSS | - | Ethnikos Piraeus | 2:0 | ||||
| 30. Round | 12/05/1999 | AO Proodeftiki | - | Panionios GSS | 0:0 | ||||
| 31. Round | 15/05/1999 | Panionios GSS | - | Skoda Xanthi | 0:2 | ||||
| 32. Round | 18/05/1999 | Ethnikos Asteras | - | Panionios GSS | 2:2 |
Greece