| 10. Round | 28/08/2016 | FK Neftekhimik | - | Kuban Krasnodar (1928-2018) | 1:4 | ||||
| 11. Round | 03/09/2016 | Spartak Nalchik | - | FK Neftekhimik | 3:2 | ||||
| 12. Round | 10/09/2016 | FK Neftekhimik | - | Fakel Voronezh | 1:2 | ||||
| 13. Round | 17/09/2016 | Luch-Energiya Vladivostok | - | FK Neftekhimik | 1:0 | ||||
| 14. Round | 26/09/2016 | FK Neftekhimik | - | Sokol Saratov | 2:2 | ||||
| 15. Round | 02/10/2016 | Spartak Moskva 2 | - | FK Neftekhimik | 0:0 | ||||
| 19. Round | 30/10/2016 | FK Tambov | - | FK Neftekhimik | 0:0 | ||||
| 23. Round | 19/11/2016 | FK Neftekhimik | - | Baltika Kaliningrad | 0:0 | ||||
| 27. Round | 19/03/2017 | FK Neftekhimik | - | Volgar Astrakhan | 2:0 | ||||
| 28. Round | 26/03/2017 | Kuban Krasnodar (1928-2018) | - | FK Neftekhimik | 1:0 | ||||
| 29. Round | 01/04/2017 | FK Neftekhimik | - | Spartak Nalchik | 0:1 | ||||
| 34. Round | 29/04/2017 | Shinnik Yaroslavl | - | FK Neftekhimik | 2:1 | ||||
| 36. Round | 10/05/2017 | FK Tyumen | - | FK Neftekhimik | 2:0 | ||||
| 37. Round | 14/05/2017 | FK Neftekhimik | - | FK Tambov | 1:1 | ||||
| 38. Round | 20/05/2017 | FK Neftekhimik | - | Enisey Krasnoyarsk | 0:2 |
Ukraine