| 2. Round | 11/03/2006 | Kashima Antlers | - | Yokohama F. Marinos | 0:3 | ||||
| 7. Round | 08/04/2006 | RB Omiya Ardija | - | Yokohama F. Marinos | 2:1 | ||||
| 8. Round | 15/04/2006 | Yokohama F. Marinos | - | Gamba Osaka | 3:4 | ||||
| 9. Round | 23/04/2006 | Ventforet Kofu | - | Yokohama F. Marinos | 1:0 | ||||
| 13. Round | 19/07/2006 | Shimizu S-Pulse | - | Yokohama F. Marinos | 1:0 | ||||
| 14. Round | 23/07/2006 | Yokohama F. Marinos | - | Avispa Fukuoka | 0:0 | ||||
| 17. Round | 12/08/2006 | Kawasaki Frontale | - | Yokohama F. Marinos | 1:1 |  |
|||
| 19. Round | 23/08/2006 | Yokohama F. Marinos | - | RB Omiya Ardija | 1:2 | ||||
| 21. Round | 30/08/2006 | Yokohama F. Marinos | - | Ventforet Kofu | 3:0 |
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