| 3. Round | 10/08/2013 | FC Ingolstadt 04 | - | Karlsruher SC | 0:2 | ||||
| 4. Round | 18/08/2013 | TSV 1860 München | - | FC Ingolstadt 04 | 1:0 | ||||
| 5. Round | 23/08/2013 | FC Ingolstadt 04 | - | Arminia Bielefeld | 3:2 |  |
|||
| 6. Round | 01/09/2013 | Dynamo Dresden | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 7. Round | 15/09/2013 | FC Ingolstadt 04 | - | 1. FC Union Berlin | 0:1 | ||||
| 8. Round | 22/09/2013 | FSV Frankfurt | - | FC Ingolstadt 04 | 4:1 | ||||
| 11. Round | 20/10/2013 | FC Ingolstadt 04 | - | Fortuna Düsseldorf | 1:2 | ||||
| 13. Round | 01/11/2013 | SC Paderborn 07 | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 16. Round | 30/11/2013 | FC Ingolstadt 04 | - | SV Sandhausen | 0:2 |  |
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